Si bien el nacimiento de la Diócesis data de 1950, este Archivo no inició oficialmente su andadura hasta 1972, cuando el entonces Obispo de la Diócesis, don Jacinto Argaya, nombró a Sebastián Insausti primer Archivero Diocesano con el preciso objetivo, según sus propias palabras, de "recoger aquellos documentos que nos han de revelar cómo dieron solución a sus problemas pastorales los que en épocas anteriores ejercitaron la pastoral dentro de nuestra provincia".
En la actualidad el Archivo tiene por principales encomiendas conservar y difundir los fondos históricos documentales –aquellos cuya antigüedad supere los 75 años– de la Diócesis de San Sebastián, es decir, de toda Gipuzkoa. Se trata de un conjunto de añejos y muy valiosos documentos –el más antiguo de los datados es de 1353– que constituyen una insustituible porción de la memoria del territorio histórico guipuzcoano y nos permiten rememorar la evolución de su sociedad, sus gentes, su fe y sus costumbres.